Invitacion Para Unirse a la Red

Se invita a investigadores mexicanos y a estudiantes interesados a proponer una serie de temas y propuestas de estudios para enriquecer la presente iniciativa y para avanzar de manera organizada en estos temas de trabajo.
Nuestra red estará fortalecida en la medida de que tengamos diversos enfoques de estudio por lo que requerimos del trabajo conjunto de un equipo multidisciplinario: biólogos, bioinformáticos, físicos, biofísicos, químicos, matemáticos, biólogos teóricos, computólogos, estructurologos, robóticos, filósofos, etc.

Organización de la Red de Investigadores

La presente iniciativa tiene como primer objetivo el identificar a los investigadores y estudiantes mexicanos interesados en los siguientes temas de estudio: biología de sistemas, sistemas complejos, biología sintética y concretamente en los tópicos que se mencionan en los temas de estudio y proyectos relacionados que sean propuestos.
En un paso posterior podremos definir temas de interés común para trabajar de manera conjunta en aspectos como: solicitud de donativos, organización de mesas de discusión, talleres, etc.

Posibles Temas de Estudio

Salvo algunos sistemas virales, en los organismos autónomos mas simples (procariontes) aun no conocemos para que codifica toda la información genética, ya no digamos la comprensión de las interacciones funcionales de los compuestos celulares, ni su interacción con el ambiente. Sin embargo, de manera optimista, considero que se puede trabajar para recrear a mediano plazo, de manera controlada, los procesos biológicos más simples y/o la modificación sustancial de sistemas actuales para entender su performance bajo diferentes condiciones ambientales.
Debido a lo anterior, en la actualidad se pueden ubicar dos grandes enfoques de estudio:
I. La caracterización funcional de sistemas biológicos simples (E. coli) que incluye el entender la interacción funcional de la red de regulación genética, la percepción ambiental, y el resetting transcripcional del genoma de E. coli (J. Collado, MA. Rámirez, CCG-UNAM).
II. Diseñar un sistema biológico desde sus planos iniciales. Este es un trabajo en el cual estamos más lejos. En este sentido los procesos que requerimos estudiar son varios, algunos son:
1. Formación y estudio de miscelas como un medio de contención físico para un sistema celular.
2. Caracterización funcional de extractos celulares (E. coli) para llevar a cabo la transcripción y traducción (en las miscelas)
3. Identificación del programa genético mínimo para un sistema autónomo (que incluya el control de la duplicación y mantenimiento de la información genética, además de la información regulatoria de los procesos celulares)
4. Caracterización y modelado de un metabolismo mínimo requerido
5. Caracterización y modelado de los mecanismos requeridos para la comunicación con el ambiente (transdución de señales, sistemas de transporte y secreción, etc.)

Investigadores participantes

A continuación me permito nombrar a investigadores con los que he estado trabajando de alguna manera en estos proyectos (en bacterias y arqueas):
Repertorio y mecanismos de regulación transcripcional
Ernesto Pérez-Rueda (IBT-UNAM)
Julio Collado-Vides (CCG-UNAM)
Agustino Martínez Antonio (CINVESTAV-Irapuato)
Percepción y procesamiento de información ambiental
Agustino Martínez Antonio (CINVESTAV-Irapuato)
Julio Collado-Vides (CCG-UNAM)
Modelado de Redes y Circuitos Genéticos
Edgardo Ugalde (Inst. Física-UASLP)
Beatriz Carely (Inst. Física-UASLP)
Denis Thieffry (U. Marsella)
Agustino Martínez Antonio (CINVESTAV-Irapuato)
Redes metabólicas y su evolución
Ernesto Pérez-Rueda (IBT-UNAM)
Regulación transcripcional en genomas pequeños (endosimbiontes)
Ernesto Pérez-Rueda (IBT-UNAM)
Gabriel Moreno-Hagelsieb (Wilfrid Laurier Univ.-Canadá)
Agustino Martínez Antonio (CINVESTAV-Irapuato)